巴彦淖尔市供销合作社联合社设5个内设机构：

　　（一）办公室。负责日常运转和综合协调，承担组织人事、干部培训、综合性文稿起草、机要保密、信息宣传、文书档案、信访、工会和机关事务等工作；负责党建、纪检、意识形态、群团及普法宣传等工作；组织开展相关政策研究工作。

　　（二）经济发展科。负责拟定并组织实施供销合作系统经济发展、产业发展规划。承担扶贫开发及农牧业生产性服务等工作。承担供销合作系统项目库建设工作。承担供销合作系统农牧业生产资料、农畜产品、边销茶等重要商品的政策协调和储备管理等工作。承担组织、协调和管理农村牧区商品流通经营业务；发展电子商务、建设冷链物流网络，开展农畜产品展会展销等工作。

　　（三）合作指导科。负责供销合作系统基层组织建设的指导服务工作。推进基层社、综合服务社发展，领办创办农牧民专业合作社及其联合社。指导供销合作社文化、品牌建设，承担农村牧区合作金融服务、供销合作社标识推广使用等工作。

　　（四）社有资产管理科。承担市本级社有资产监督管理、安全运营、法律事务等工作。宣传贯彻相关法律法规，维护供销合作社合法权益；承担供销合作社监事会的具体工作，指导供销合作系统监事会工作。

　　（五）财务审计科。负责单位预决算编制和各类资金及重要商品储备专项补贴资金的使用和监督管理工作。指导供销合作系统财务会计和会计报表汇总分析工作。执行系统内部审计制度，承担直属出资企业经营业绩考核和审计工作，指导系统内部审计等工作。